Il Lago di Bertignano è un esempio di lago eutrofico naturale con vegetazione sommersa o galleggiante (3150), composto da cenosi di erbe radicanti sul fondo, liberamente natanti o sommerse, tra le cui specie vegetali caratteristiche qui si trovano Trapa natans e Polygonum amphibium. Nel sito è segnalata la presenza di Lindernia palustris, inserita nell’All. IV della D.H. che, con alcune specie dei generi Eleocharis e Cyperus, appartiene alla vegetazione effimera dei margini di laghi e delle pozze d’acqua temporanee (3130). Sono altresì habitat comunitari i boschi di castagno (9260), piuttosto estesi, ed alcuni lembi di saliceti a salice bianco (Salix alba) (91EO) che bordano le sponde del Lago di Bertignano. Presso il Lago di S. Vitale sono state segnalate Utricularia australis, Nymphaea alba, Ludwigia palustris, incluse nella Lista Rossa nazionale, la rara Oenanthe aquatica e la briofita Riccia fluitans. Le aree umide del sito ospitano 8 specie di anfibi, tra cui 5 di importanza comunitaria. Tra queste possiede maggior valore conservazionistico il pelobate (Pelobates fuscus insubricus, All. II), specie considerata prioritaria dalla D.H. in virtù della sua riconosciuta rarità e vulnerabilità a livello europeo e ancor più italiano. Di notevole interesse è anche la presenza del tritone crestato (Triturus carnifex, All. II e IV) e del tritone punteggiato italiano (Triturus vulgaris meridionalis), anch’essi fortemente minacciati dalla modificazione dei loro habitat riproduttivi. Le conoscenze sugli invertebrati sono limitate alle libellule, presenti qui con circa 10 specie, tra cui Erythromma viridulum, poco comune in Piemonte. Merita di essere segnalato un ortottero endemico dei rilievi montani del settore insubrico, Nadigella formosanta, che, per quanto noto, raggiunge qui il limite occidentale della sua distribuzione.

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